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ThruPLEX法血漿cell-free DNA測序文庫構建
閱讀：2248發布時間：2018-3-30
Rubicon公司擁有ThruPLEX®和PicoPLEX®技術。特殊的引物或接頭設計，能以微量DNA樣本起始構建下一代測序文庫。
ThruPLEX用于cfDNA-液體活檢樣品
液體活檢樣品包括
循環核酸
– Cell-free DNA (cfDNA)
循環腫瘤DNA（ctDNA）占一小部分
– Cell-free mRNA
– Cell-free miRNAs, long non-coding RNA
循環腫瘤細胞（CTCs）
– 從實體瘤釋放到血液中的腫瘤細胞
外泌體
– 小的膜衍生囊泡（40–100 nm）包含：
exoDNA；microRNAs, mRNAs；蛋白，脂類。
其中游離核酸通常從血漿和血清中分離（也存在于尿液和腦脊液中），受個性化醫療和液體活檢前景的推動（無創，早期檢測，監控）。 對cfDNA測序的關注高于cfRNA。
Cell-free DNA的特點
降解
包含單體，二聚體，三聚體的核小體DNA fragment
成分和產量高度可變 （病人和疾病相關）
小分子，分子大小~170 bp
如何進行cell-free DNA測序？
基于擴增技術的靶向測序
– 用于基因組重點區域檢測的小型panel
– 如 Thermo AmpliSeq, Illumina TruSight, ArcherDX VariantPlex, etc
全基因組測序
– 標準覆蓋度30X至60X
用于SNP, InDel, CNV, SV
價格高，很少研究者用于cfDNA分析
– 低覆蓋度（測序深度淺）0.1到2X
用于CNV
樣本起始量低
基于雜交技術的靶向測序
– 外顯子組50X 至100X， panels 150X 至300X
分析SNP, InDel, CNV, SV
全基因組測序和基于雜交技術的靶向測序適用產品
起始量 50 pg-50 ng
起始量1 ng-30 ng 優化用于cell-free DNA
超深度靶向測序
– Panels 1,000X 至10,000X；體細胞突變頻率<5% allele frequency
帶有分子標簽 起始量1 ng-50 ng
ThruPLEX已被很成熟的用于cell-free DNA研究
文獻一
Kitzman et al. 2012. Noninvasive Whole-Genome Sequencing of a Human Fetus. Science Translational Medicine.
作者：華盛頓大學Jay Shendure Lab Jacob Kitzman現任密歇根大學助理教授
• 概念驗證研究，展示了通過無創方法確定胎兒基因組序列。
• ThruPLEX用于從母體血漿樣品中分離的游離DNA構建NGS文庫。
文獻二
Murtaza et al. 2013. Non-invasive analysis of acquired resistance to cancer therapy by sequencing
of plasma DNA. Nature.
作者：英國癌癥研究中心（Cancer Research UK）Nitzan Roselfeld Lab Muhammed Murtaza現任Tgen（Translational Genomics Research Institute）和梅奧診所（Mayo Clinic）助理教授
• 通過對病人的游離DNA測序實現無創突變檢測
• 采用ThruPLEX利用cfDNA構建NGS文庫，對病人循環腫瘤DNA進行全外顯子組分析
• 展示了在治療前后檢測腫瘤演變的能力
Rubicon公司成立于2000年，總部位于美國密歇根州。產品都擁有技術，檢控嚴格，擁有cGMP級生產能力，是單細胞測序文庫構建的。2017年1月，Rubicon 成為Takara的一員，并且發展良好。
華雅旗下紅榮微再（上海）生物工程技術有限公司2018年，與TAKARA繼續合作，授權代理（上海）Rubicon和Cellartis 試劑。紅榮微再以“傳遞科學價值，服務科學研究”為宗旨，主營干細胞、醫療、細胞治療、器官再生四大板塊的產品。
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