酶標儀和普通的光電比色計有以下的差異：(1)盛裝待測比色液的容器不再使用比色皿，而是使用塑料微孔板。微孔板常用透明的聚乙烯材料制成，對抗原抗體有較強的吸附作用，故用它作為固相載體。
(2)由于盛樣本的塑料微孔板是多排多孔的，光線只能垂直穿過，因此酶標儀的光束都是垂直通過待測溶液和微孔板的，光束既可是從上到下，也可以是從下到上穿過比色液。
(3)酶標儀通常不僅用A，有時也使用光密度OD來表示吸光度。
酶標儀可分為單通道和多通道2種類型，單通道又有自動和手動2種之分。自動型的儀器有X,Y方向的機械驅動機構，可將微孔板L的小孔一個個依次送入光束下面測試，手動型則靠手工移動微孔板來進行測量。
在單通道酶標儀的基礎上又發展了多通道酶標儀，此類酶標儀一般都是自動化型的。它沒有多個光束和多個光電檢測器，如12個通道的儀器設有12條光束或12個光源，12個檢測器和12個放大器，在X方向的機械驅動裝置的作用下，樣品12個為一排被檢測。多通道酶標儀的檢測速度快，但其結構較復雜價格也較高。
