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生物磁珠提取核酸的常見誤區(qū)
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生物磁珠提取核酸的常見誤區(qū)
誤區(qū)一：磁珠使用的越多，提取效果越好
有很多老師喜歡在提取效果不佳的時(shí)候，增加磁珠的用量，認(rèn)為磁珠多加一點(diǎn)，就能吸上更多的核酸，不得不說(shuō)這種想法是不可取的。
磁珠的主要特點(diǎn)是既可以分散于液體中，也可以在外加磁場(chǎng)作用下以固態(tài)方式和液相分離，任何試劑體系，磁珠和液體的比例都應(yīng)該是有一定閾值的，超過(guò)一定的比例，過(guò)多的磁珠將因?yàn)闊o(wú)法均勻分散于液體中，而喪失其分散的特性，也使得洗滌過(guò)程中無(wú)法充分增加核酸磁珠和液體接觸的效率。而過(guò)量的磁珠也會(huì)吸附更多的雜質(zhì)，對(duì)于除雜的效果影響非常大。甚至有些時(shí)候，過(guò)多的磁珠會(huì)吸附蛋白酶、溶菌酶等在液體體系中起主要作用的功能成分，導(dǎo)致整個(gè)試劑盒效率低下。有很多時(shí)候，在提取效果不佳的時(shí)候，減少磁珠使用量，反而是提升提取效果的*途徑。
通常情況下，磁珠法試劑盒給出的參考磁珠用量都是略微過(guò)量的，因此需要增加磁珠用量改善吸附效率的情況并不多，但如果確定是磁珠用量不足導(dǎo)致的提取效果不好，是可以在一定范圍內(nèi)通過(guò)增加磁珠用量來(lái)改善提取效果的。
以GNT-02系列磁珠為例，在提取常量樣本（植物組織，全血等）時(shí)，通常用量為10ul/次；在提取微量樣本（如血清游離DNA，口腔拭子等）時(shí)，磁珠用量為15~20ul/次。如需超過(guò)這個(gè)使用量，需要和技術(shù)工程師進(jìn)行溝通。
誤區(qū)二：試劑使用的越多，提取效果越好
裂解效果不好？多加點(diǎn)裂解液。洗滌效果不好？多加點(diǎn)洗滌液。這是很多客戶在使用試劑盒中的慣性思維。
但是對(duì)于磁珠法而言，每增加一部分液體體積，就減少了更多的磁珠碰撞幾率，而降低磁珠碰撞幾率，會(huì)導(dǎo)致吸附率的大幅度下降。所以很多時(shí)候，雖然增加裂解液和洗滌液確實(shí)能夠起到增強(qiáng)裂解和增強(qiáng)洗滌的作用，但磁珠法提取的核心是磁珠吸附核酸的效率，無(wú)法保證磁珠碰撞效率是不能保證核酸提取效率的，所以單純?cè)黾釉噭┦褂昧扛纳铺崛⌒Ч⒉灰欢?有效。
對(duì)于GNT-B02全血基因組DNA試劑盒而言，一般裂解液使用量不應(yīng)超過(guò)400ul/次，洗滌液使用量不應(yīng)超過(guò)500ul/次。如果確實(shí)需要放大體系，磁珠和樣本用量也應(yīng)該相應(yīng)增加，這種放大不一定是等比例的。
誤區(qū)三：洗滌次數(shù)越多，提取效果越好
提取得到的核酸雜質(zhì)過(guò)多時(shí)，使用者會(huì)考慮多進(jìn)行幾次洗滌，以得到更為純凈的核酸。增加洗滌次數(shù)確實(shí)有利于提純核酸，但考慮到每次洗滌都會(huì)損失一定量的核酸，且增加了核酸斷裂水解的可能性，所以一般來(lái)說(shuō)洗滌次數(shù)控制在2~4次為宜。
GNT系列的試劑盒，單一純化類試劑盒的洗滌次數(shù)為2次，植物、動(dòng)物類試劑盒的洗滌次數(shù)為3次，血液類試劑盒洗滌次數(shù)為3~4次。
誤區(qū)四：樣本取用的越多，提取效果越好
在樣本不夠新鮮或者核酸含量本身就很少的情況下，往往核酸提取效果不好，很多老師就會(huì)采用多取樣本的方式增加核酸提取量。
但簡(jiǎn)單地增加樣本取樣量，有時(shí)會(huì)引入過(guò)多的雜質(zhì)，超出裂解液裂解能力，也會(huì)使提取效率降低，所以并不推薦通過(guò)簡(jiǎn)單的增加樣本取樣量的方式來(lái)達(dá)到增加提取量的目的。
如果確實(shí)是由于樣本量不足而引起的提取量過(guò)低，建議在前處理先經(jīng)過(guò)富集或者濃縮步驟再開始提取。或者增加裂解的*性，使更多的核酸暴露出來(lái)也是一種解決方法。
誤區(qū)五：某一種磁珠好，就應(yīng)該在所有試驗(yàn)中效果都好
磁珠的種類是多種多樣的，粒徑大小不同，分散性不同，磁響應(yīng)時(shí)間不同，包被基礎(chǔ)基質(zhì)不同，外層修飾官能團(tuán)不同，包被密度不同，官能團(tuán)臂長(zhǎng)不同，會(huì)導(dǎo)致磁珠特性千差萬(wàn)別。
所以不同磁珠所適應(yīng)的實(shí)驗(yàn)和體系也是不同的。就像同樣是核酸提取的試劑，配方也并不*相同，同樣應(yīng)用于核酸提取的磁珠，性質(zhì)也并非*一致。
有的磁珠在常量核酸提取中表現(xiàn)出了更高的吸附效率，有的磁珠更適用于微量核酸提取。有的磁珠適合偏酸性系列的試劑體系，有的磁珠適合偏堿性系列的試劑體系。有的磁珠磁響應(yīng)性好但是沉降速度快，更適合磁棒式自動(dòng)提取儀；有的磁珠沉降速度慢但是磁響應(yīng)時(shí)間長(zhǎng)，更適合移液式自動(dòng)提取儀。
很少有一種磁珠能適用于所有實(shí)驗(yàn)的情況，除了固定的試劑盒配合，多數(shù)情況下，磁珠和試劑體系都要做一定時(shí)間的配合調(diào)整。
誤區(qū)六：和某種試劑盒對(duì)比效果不好，就是磁珠不好
很多客戶在篩選磁珠過(guò)程中都是在已經(jīng)成熟試劑體系下，簡(jiǎn)單地等量替換磁珠，用于比較磁珠效果。這樣就會(huì)很容易得出某種磁珠效果不好的結(jié)論，但實(shí)際上，由于不同磁珠適合的體系和用量是不同的，往往需要調(diào)整過(guò)后才能獲得更好的提取效果。
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