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【PDF分析】馬爾文帕納科助力科學(xué)家解析短程無(wú)序的礦物晶體結(jié)構(gòu)
馬爾文帕納科助力洞悉材料的世界
編者按
這是一個(gè)有趣的科研小故事,從中我們可以看到在科學(xué)進(jìn)步的漫漫長(zhǎng)路上,科學(xué)家們面對(duì)一個(gè)個(gè)難題是如何孜孜以求,鍥而不舍。同時(shí),也讓我們了解到實(shí)驗(yàn)室分析儀器技術(shù)的發(fā)展,如何為科學(xué)家拓展探索未知邊界的能力,先進(jìn)的分析技術(shù),使儀器成為科學(xué)家值得信賴的伙伴,從不可見(jiàn)到可見(jiàn),讓更多以前難以實(shí)現(xiàn)的觀察和解析成為了可能。
蒙皂石類礦物是天然的功能材料,但由于其是結(jié)構(gòu)為二維亂層序堆疊的層狀硅鋁{鎂,鋅,鐵}酸鹽礦物,而非三維有序結(jié)構(gòu),使用一般的XRD三維結(jié)構(gòu)分析方法無(wú)法解析其結(jié)構(gòu)。中科院廣州地化所陶奇研究員在進(jìn)行鋅皂石結(jié)構(gòu)研究的過(guò)程中,遍尋北大、中科院等XRD和電子衍射等分析部門,以及歐美粘土礦物XRD分析的著名專家,都沒(méi)能解決其鋅皂石的晶體結(jié)構(gòu)的問(wèn)題。
適時(shí),浙大呂光烈教授建議對(duì)樣品做PDF分析(原子對(duì)分布函數(shù)分析),徹di把鋅皂石的層結(jié)構(gòu)解析出來(lái)。但由于PDF分析的測(cè)量要求非常苛刻,往往要通過(guò)同步輻射光源才能實(shí)現(xiàn)。在之后與上海光源和西湖大學(xué)的溝通中,均因樣品強(qiáng)度太低、造成數(shù)據(jù)無(wú)法使用。
此時(shí),馬爾文帕納科的實(shí)驗(yàn)室PDF分析解決方案進(jìn)入到呂教授的視線,他使用馬爾文帕納科Empyrean銳影X射線衍射儀搭配Ag靶硬射線和GaliPIX3D半導(dǎo)體探測(cè)器,收集到了有效的PDF分析實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)。后經(jīng)美國(guó)哥倫比亞大學(xué)Billinge Group的留學(xué)生最終完成了整個(gè)層結(jié)構(gòu)的PDF分析。
幾位科學(xué)家將階段性研究成果發(fā)表于學(xué)術(shù)期刊《American Mineralogist》。現(xiàn)將該篇論文的中文介紹引用在此,以饗讀者。
*下文轉(zhuǎn)載于廣州地球化學(xué)研究所網(wǎng)文,原文題為《廣州地化所在解析蒙皂石族礦物晶體結(jié)構(gòu)的新方法上取得進(jìn)展》
蒙皂石族礦物(簡(jiǎn)稱:蒙皂石)是地球近地表、行星表面等環(huán)境中含量zui豐富的粘土礦物,它們?cè)谠氐母患瓦w移等地質(zhì)過(guò)程中起著至關(guān)重要的作用。另一方面,作為一類天然的二維無(wú)機(jī)納米材料,它們?cè)诖呋l(fā)光材料、吸附等領(lǐng)域有著廣泛的應(yīng)用。
蒙皂石相鄰結(jié)構(gòu)層間結(jié)合力弱,極易發(fā)生平移或旋轉(zhuǎn),從而破壞了堆垛方向(c*)上的周期性。其中,完quan隨機(jī)的層平移與旋轉(zhuǎn)被定義為渦輪無(wú)序?qū)樱═urbostratically disordered layers),它們普遍存在于蒙皂石的結(jié)構(gòu)中。渦輪無(wú)序?qū)釉诜劬RD圖中表現(xiàn)為靠近hk0位置呈現(xiàn)極duan不對(duì)稱寬化的衍射峰。具有這種寬化效應(yīng)的衍射峰無(wú)法被建立在三維周期性結(jié)構(gòu)衍射基礎(chǔ)上的標(biāo)準(zhǔn)Rietveld相定量方法正確擬合出來(lái)。因此,標(biāo)準(zhǔn)的Rietveld方法無(wú)法應(yīng)用于蒙皂石晶體解析和定量分析。同時(shí),蒙皂石結(jié)晶度較低,在高能電子轟擊下結(jié)構(gòu)易脫羥而坍塌,因此也難以獲得其理想的選區(qū)電子衍射花樣。并且,直接獲得蒙皂石單晶的可能性非常小(目前僅有一例成功合成F取代漢克托石單晶的報(bào)道)。鑒于上述原因,此前尚無(wú)能直接準(zhǔn)確解析蒙皂石結(jié)構(gòu)的方法。
針對(duì)此問(wèn)題,中國(guó)科學(xué)院廣州地球化學(xué)研究所礦物學(xué)與成礦學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室陶奇副研究員與合作者首先在水熱條件下,合成了無(wú)鋁鋅皂石(Zincsilite,樣品編號(hào):S-Zn4)及其鎂取代產(chǎn)物。在測(cè)定其層電荷(依“陽(yáng)離子交換容量(CEC)計(jì))的基礎(chǔ)上,論證了其結(jié)構(gòu)電荷來(lái)源。進(jìn)而,基于原子對(duì)分布函數(shù)(PDF)分析對(duì)蒙皂石層內(nèi)局域結(jié)構(gòu)進(jìn)行擬合解析。最后采用密度泛函理論計(jì)算(DFT)方法對(duì)結(jié)構(gòu)羥基和層間離子的坐標(biāo)進(jìn)行優(yōu)化,從而獲得蒙皂石的晶體結(jié)構(gòu)。
研究顯示,所得產(chǎn)物具有典型的三八面體蒙皂石特征結(jié)構(gòu)(XRD圖,相見(jiàn)原文)。XRD圖和樹脂包埋超細(xì)切片樣品的TEM照片顯示出渦輪無(wú)序結(jié)構(gòu)層特征(圖1)。
綜合元素分析、CECs和霍夫曼-凱勒效應(yīng)測(cè)試(樣品依次進(jìn)行Li+交換、焙燒和乙二醇飽和實(shí)驗(yàn))結(jié)果,得到S-Zn4的化學(xué)結(jié)構(gòu)式:
Zn0.27Na0.04(Zn2.71□0.29)Si4O10(OH)2
(□表示八面體位的Zn缺位)。
由于體系中僅有Zn2+可以占據(jù)八面體位置,且沒(méi)有四面體位的不等價(jià)類質(zhì)同象置換,排除了因類質(zhì)同象置換產(chǎn)生電荷的可能性;同時(shí),S-Zn4經(jīng)Li+交換和300℃焙燒后,其乙二醇飽和樣品的結(jié)構(gòu)層依然可以膨脹(d001≈16Å),進(jìn)一步證實(shí)電荷并非由四面體或八面體片中類質(zhì)同象置換產(chǎn)生。基于以上結(jié)果可知:其結(jié)構(gòu)電荷來(lái)源于八面體片中Zn的缺位。
由于蒙皂石不具有c*方向的周期性,我們選用對(duì)長(zhǎng)程與短程均能有效表征的PDF分析對(duì)其層內(nèi)局域結(jié)構(gòu)進(jìn)行解析(圖2)。結(jié)果顯示,S-Zn4結(jié)構(gòu)層中具有一個(gè)尺寸~24 Å的相干晶疇。原子間距(r)最小的三個(gè)峰值分別為1.58、2.16和3.11 Å,分別對(duì)應(yīng)四面體中的Si-O、八面體中Zn-O以及最近鄰O-O間距(與最近鄰Si-Si和Zn-Zn間距重疊)。r值為~5.39Å的峰值對(duì)應(yīng)著四面體中Si-O四面體連接成的六邊形對(duì)角線處的Si-Si間距。
基于PDF結(jié)果,我們分別選擇了兩種不同對(duì)稱性的滑石和F-漢克托石礦物模型對(duì)其晶體結(jié)構(gòu)進(jìn)行精修。結(jié)果顯示,S-Zn4結(jié)構(gòu)與三斜對(duì)稱性、C–1空間群的滑石模型近乎完mei匹配(Rw=0.037)。對(duì)考慮到PDF分析對(duì)結(jié)構(gòu)層間離子(弱作用)和結(jié)構(gòu)羥基(輕原子)的不敏感性特征,我們采用Material Studio軟件的CASTEP模塊對(duì)將精修后的結(jié)構(gòu)作進(jìn)一步的DFT優(yōu)化。優(yōu)化結(jié)果顯示,S-Zn4具有三斜對(duì)稱性、P –1空間群,晶胞參數(shù)為:a=5.294Å,b=9.162Å, c=12.800Å, α=90.788°, β=98.345°and γ=90.399°(圖3)。
盡管本研究對(duì)象為Zn–蒙皂石,但所述方法適用于所有蒙皂石族礦物、具有渦輪無(wú)序?qū)踊驅(qū)尤毕荩ㄆ揭啤⑿D(zhuǎn)等)結(jié)構(gòu)的其它層狀礦物、以及其它類型二維材料的晶體結(jié)構(gòu)解析。
研究得到國(guó)家自然科學(xué)基金面上項(xiàng)目(42072044)、廣東省科技計(jì)劃項(xiàng)目(2020B1212060055)等課題資助。研究成果以“Local Structure Determination of Zn-smectite”為題,在《American Mineralogist》發(fā)表。
論文信息
Local Structure Determination of Zn-smectite
Qi Tao(陶奇), Chaogang Xing(杏朝剛), Seungyeol Lee, Long Yang(楊龍), Qingjin Zeng(曾慶進(jìn)), Shangying Li(李尚穎), Tianqi Zhang(張?zhí)扃? Guanglie Lv(呂光烈), Hongping He(何宏平), Sridhar Komarneni.
American Mineralogist, 2022
原子對(duì)分布函數(shù) (PDF) 測(cè)量要求
要獲得局部原子結(jié)構(gòu)所需的空間分辨率,必須執(zhí)行用于 PDF 分析的數(shù)據(jù)采集:
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覆蓋盡可能大的衍射角度(較大的 Q 范圍)
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使用短波長(zhǎng)的 X 射線(高能硬射線)
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具有計(jì)數(shù)統(tǒng)計(jì)
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經(jīng)過(guò)優(yōu)化的背景抑制
由于上述這些苛刻的要求,直到最近,該技術(shù)也幾乎完quan依賴于同步輻射光源提供的高質(zhì)量 X 射線光束。在日常科研工作中,使用這種大型設(shè)施往往非常困難,排隊(duì)預(yù)約非常耗時(shí)。因此,提前在研究實(shí)驗(yàn)室中對(duì)候選樣品進(jìn)行預(yù)篩選是非常需要的,有時(shí)甚至是必須的。
適用于實(shí)驗(yàn)室執(zhí)行原子對(duì)分布函數(shù) (PDF) 分析的馬爾文帕納科解決方案
2015年,馬爾文帕納科公司發(fā)布了GaliPIX3D重元素半導(dǎo)體矩陣探測(cè)器,在Empyrean銳影X射線衍射平臺(tái)構(gòu)建了基于銀靶輻射的高能硬射線透射光路用于PDF分析,從此用戶可以在實(shí)驗(yàn)室平臺(tái)即可獲得高質(zhì)量的PDF數(shù)據(jù)。
該配置使用:
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銀靶 X 射線管
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入射光束聚焦鏡或狹縫準(zhǔn)直系統(tǒng)
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毛細(xì)管自旋樣品臺(tái)
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混合像素探測(cè)器 (GaliPIX3D)、線探測(cè)器 (X'Celerator)
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用于背景抑制的防散射套件。
獲得干凈且無(wú)特征的背景,這對(duì)于在高度無(wú)序或完quan非晶體材料上獲得有意義的結(jié)果至關(guān)重要。通過(guò)馬爾文帕納科系統(tǒng)獲得的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)可與同步加速器結(jié)果進(jìn)行比較。可以使用免費(fèi)提供的 PDF 分析軟件包來(lái)處理和進(jìn)一步分析測(cè)得的原始數(shù)據(jù)。
馬爾文帕納科的重元素半導(dǎo)體矩陣探測(cè)器GaliPIX3D具有對(duì)硬射線(Mo和Ag)的最高接收效率,適用于Empyrean銳影衍射系統(tǒng)上進(jìn)行計(jì)算機(jī)斷層影像和對(duì)分布函數(shù)分析。
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