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籌建國家食品安全風險評估中心的計劃始于2009年《食品安全法》頒布前夕。
2009年11月,由42位有關領域專家組成的食品安全風險評估專家委員會成立,籌建中的風險評估中心將成為專家委員會的支持機構。
2011年4月21日衛生部食品安全綜合協調與衛生監督局局長蘇志在北京舉行的2011年國際食品安全論壇上表示,中國已經正式決定建立國家食品安全風險評估中心。
2011年10月13日,中心正式掛牌成立。衛生部部長陳竺出席儀式并講話。衛生部黨組書記張茅,國務院副秘書長、食品安全辦主任張勇,食品安全辦副主任、評估中心副理事長劉佩智,中央編辦副主任張崇和,工業和信息化部總工程師朱宏任,工商總局副局長王東峰,食品藥品監管局副局長邊振甲、糧食局副局長任正曉出席儀式。衛生部副部長、評估中心理事長陳嘯宏主持儀式。陳竺、張茅、張勇、張崇和共同為國家食品安全風險評估中心揭牌。劉佩智為評估中心主任劉金峰頒發了聘書。