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正確的濾膜選擇是過濾/純化成功與否的基本條件。過濾的對象依其形態分為液態與氣態兩大類，而液態再區分為水性液體及有機溶劑兩個類別，其中有機溶劑依其極性又分成親水性及疏水性。因此過濾前必須依樣品本身的特性來選擇適合的濾膜，簡單可區分如下:
①過濾水性液體
采用混合纖維濾膜（MCE）、聚醚砜濾膜（PES）、尼龍濾膜（Nylon）、玻璃纖維濾膜（Glass Fiber）為過濾材料。
常用于親水性溶液和液體除菌過濾以及顆粒過濾等。
②純化有機溶劑
采用聚四氟乙烯濾膜（PTFE）、聚偏氟乙烯濾膜（PVDF）、尼龍濾膜（Nylon）為過濾材料，
常用于 HPLC、GC 等溶劑的純化過濾，此類濾膜需具有良好的化學穩定性。
③過濾氣體
采用聚四氟乙烯濾膜（PTFE）、聚偏氟乙烯濾膜（PVDF）, 銀濾膜（Silver）為過濾材料
常用于環境、空氣污染檢測以及氣體純化的需求。
此外在過濾不同的樣品時，必須依樣品特性配合適合此樣品的濾膜材質，再依實驗需求選擇合適的濾膜孔徑大小/濾膜的直徑大小(濾膜選擇指南)，并配合適當的過濾器材，包含: 過濾漏斗/過濾瓶組/真空幫浦，才能夠完成一次完整的過濾實驗。
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