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每一輪的親和選擇包括原始的或富集的gⅥ—cDNA文庫中噬菌粒顆粒的獲取和純化以及它們自身的淘選過程。介紹兩種不同的方法來抽提特異的噬菌體。
1噬菌體文庫的獲取和純化
在每輪淘選循環中的起始部分，（富集的）Topl0F，細胞經輔助噬菌體被雙重感染以便產生和純化gⅥ—cDNAt噬菌粒顆粒，從而進行下一輪的淘選。在淘選過程中，如果沒有特異的緩沖液且噬菌體對誘餌的親和力較高（如免疫親和篩選），此時經雙重感染獲得的噬菌體顆粒并不一定要純化。
2生物素化的誘餌的制備
用不同的配體標準化淘選的一個方法是用普通的標記物（如生物素）來標記誘餌，或使用鏈霉親和素包被的酶聯免疫吸附實驗（ELISA）的平板孔或小珠來淘選。兩個有效的（氨基反應的）生物素化試劑是二硫化N—羥基丁二酰亞胺生物素酯（biotin disulfide N—hydrox—ysuccinimideester）和生物素化氨基己酸—N—羥基丁二酰亞胺（biotinamidocaproate N—hydroxysuccinimide）（Sigma）。與后者試劑相比，前者在生物素和誘餌之間有一個可切斷的二硫鍵，它是在生物淘選過程中特異抽提（用50mmol/L二硫蘇糖醇）噬菌體的試劑，整個生物素的水平可用HABA方法來評估。
3用生物素化的誘餌的淘選過程
在用生物素化的誘餌來親和純化gⅥ—cDNA噬菌體顆粒的標準過程中，用鏈霉親和素包被的磁珠預處理噬菌粒文庫，以便首先除去與鏈霉素非特異結合的噬菌體顆粒。在第三輪淘選后，個別克隆可用ELISA來分析或進行額外的淘選過程。然而，必須注意到成功的展示要求pⅥ融合蛋白定位在外周胞質上，正確地折疊并組合成完整的噬菌體顆粒。這樣的話，如果表達pⅥ融合蛋白的結合者干擾了選擇過程，那么將會稀釋“非干擾”結合者的濃度。
4免疫親和淘選過程
用抗血清來分離gⅥ—cDNA噬菌體顆粒，而且所需要的抗血清是微量的（微升數量的）。
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