顯微鏡電源系統是提供整臺顯微鏡的電力系統。顯微鏡電源根據顯微鏡功能的不同，分為幾種不同的系統。一般的正置顯微鏡電源是內置到顯微鏡底座，然后通過一根電源線連接出來，這是zui簡單的電源系統，不能自己更換。熒光顯微鏡所搭配的汞燈燈箱有著比較復雜的電源系統。由于激發汞燈所需的電壓與傳統的LED燈、鹵素燈不同，所以單獨給汞燈燈室搭配得有一個供電箱，一般汞燈電源是一個長方形，長寬高為15厘米左右的盒子。上有開關，調節電壓的旋鈕等裝置，根據不同品牌和型號略有不同。熒光顯微鏡除了汞燈電源外一般還有透射式光源的電源，與一般正置顯微鏡的電源無二。

安裝顯微鏡時，要讓電源線遠離鏡架。如果電源線接觸到發熱的鏡架，電源線會因為受熱而熔化，從而導致觸電。把顯微鏡安裝在固定、平坦桌面或工作臺上。不要堵塞鏡架下面的通風口。不要把顯微鏡放在氈子之類的柔軟表面上，這樣會堵住通風口，造成過熱或著火。
正確連接電源線，并且將電源上的接地端子與墻上插座的接地端子牢固相連。如果顯微鏡沒有接地，上海光學儀器一廠就無法保證顯微鏡的用電安全和設備性能。不使用顯微鏡時，或者顯微鏡發生故障時，要從AC插口或墻上插座中拔出電源線。

和普通顯微鏡光源不一樣，顯微鏡需要有豐富的紫外線來激發標本而發出熒光，所以熒光顯微鏡需要配置單獨的電源系統。熒光顯微鏡系統里汞燈發射的光譜里含有豐富的紫外光，自然適合用來作為熒光顯微鏡光源。