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大尺度鑒定miRNA靶點新方法
點擊次數：910 發布時間：2016-7-27
《自然—方法學》網絡版近日介紹了瑞士蘇黎世大學分子生命科學研究所邁克爾•恩加特納(Michael O Hengartner)研究組發明的一種大尺度鑒定miRNA靶點新方法。
在過去幾年中，隨著實驗和計算方法的發展和完善，miRNA靶點的鑒定和預測研究取得很大進展。然而，全面正確地鑒定miRNA的生物學相關靶點依然是個難點。恩加特納研究組發明了一種叫做“選擇性反應監測”(selected reaction monitoring，SRM)的方法，該方法利用有針對性的質譜技術實現了對miRNA-靶點互作的大尺度蛋白組學分析，進而對預測的靶點進行驗證。
恩加特納等人利用線蟲let-7突變體及其野生型為實驗材料。為了測定由于let-7突變體數量減少導致的蛋白含量的下降，恩加特納等人對感興趣的let-7突變體和野生型的蛋白提取物進行化學標記，之后對其進行SRM質譜分析，獲得了可靠的目標蛋白的定量數據。該實驗使用了一套let-7可能的靶點基因及一套對照基因。結果發現，161個蛋白中的29個蛋白的表達含量在突變體中發生變化，這可能是由于let-7基因和不同的靶點互作結果——該結果得到了獨立下游實驗包括遺傳互作、多聚核糖體分析和熒光素酶檢測的驗證。
SRM技術可以作為一個驗證工具來進一步探討對于靶點的理解;此外，SRM也可能用來精細描述目標蛋白質組亞群，促進miRNA生物功能模型的研究。(科學網 任春曉/編譯)
相關方法：“選擇性反應監測”技術
完成人：邁克爾•恩加特納研究組/呂迪•埃伯索爾德研究組
實驗室：瑞士蘇黎世大學分子生命科學研究所 蘇黎世理工學院分子系統生物學研究所 蘇黎世系統生理學和代謝疾病合作中心 瑞士弗雷德里希•*生物醫藥研究所 英國劍橋大學生物化學系 英國劍橋大學威康信托/英國格登癌癥研究所 蘇黎世大學理學院