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大尺度鑒定miRNA靶點新方法
點擊次數(shù):946 發(fā)布時間:2016-7-27
《自然—方法學(xué)》網(wǎng)絡(luò)版近日介紹了瑞士蘇黎世大學(xué)分子生命科學(xué)研究所邁克爾•恩加特納(Michael O Hengartner)研究組發(fā)明的一種大尺度鑒定miRNA靶點新方法。
在過去幾年中,隨著實驗和計算方法的發(fā)展和完善,miRNA靶點的鑒定和預(yù)測研究取得很大進(jìn)展。然而,全面正確地鑒定miRNA的生物學(xué)相關(guān)靶點依然是個難點。恩加特納研究組發(fā)明了一種叫做“選擇性反應(yīng)監(jiān)測”(selected reaction monitoring,SRM)的方法,該方法利用有針對性的質(zhì)譜技術(shù)實現(xiàn)了對miRNA-靶點互作的大尺度蛋白組學(xué)分析,進(jìn)而對預(yù)測的靶點進(jìn)行驗證。
恩加特納等人利用線蟲let-7突變體及其野生型為實驗材料。為了測定由于let-7突變體數(shù)量減少導(dǎo)致的蛋白含量的下降,恩加特納等人對感興趣的let-7突變體和野生型的蛋白提取物進(jìn)行化學(xué)標(biāo)記,之后對其進(jìn)行SRM質(zhì)譜分析,獲得了可靠的目標(biāo)蛋白的定量數(shù)據(jù)。該實驗使用了一套let-7可能的靶點基因及一套對照基因。結(jié)果發(fā)現(xiàn),161個蛋白中的29個蛋白的表達(dá)含量在突變體中發(fā)生變化,這可能是由于let-7基因和不同的靶點互作結(jié)果——該結(jié)果得到了獨立下游實驗包括遺傳互作、多聚核糖體分析和熒光素酶檢測的驗證。
SRM技術(shù)可以作為一個驗證工具來進(jìn)一步探討對于靶點的理解;此外,SRM也可能用來精細(xì)描述目標(biāo)蛋白質(zhì)組亞群,促進(jìn)miRNA生物功能模型的研究。(科學(xué)網(wǎng) 任春曉/編譯)
相關(guān)方法:“選擇性反應(yīng)監(jiān)測”技術(shù)
完成人:邁克爾•恩加特納研究組/呂迪•埃伯索爾德研究組
實驗室:瑞士蘇黎世大學(xué)分子生命科學(xué)研究所 蘇黎世理工學(xué)院分子系統(tǒng)生物學(xué)研究所 蘇黎世系統(tǒng)生理學(xué)和代謝疾病合作中心 瑞士弗雷德里希•*生物醫(yī)藥研究所 英國劍橋大學(xué)生物化學(xué)系 英國劍橋大學(xué)威康信托/英國格登癌癥研究所 蘇黎世大學(xué)理學(xué)院