国产一卡2卡三卡4卡麻豆_了解最新日韩草逼视频_h片在线播放一区_国产激情影视在线_好了av四色综合无码久久_欧美黑白双插OOR720P_日本精品中文字幕在线_秋霞午夜手机影院_亚洲国产一区二区3da毛片_欧美杂交深喉video中文字幕

上海士鋒生物科技有限公司

ELISA試劑盒,進(jìn)口,中檢所標(biāo)準(zhǔn)品,生物試劑,培養(yǎng)基,中間體

化工儀器網(wǎng)收藏該商鋪

13

聯(lián)系電話

13122441390

 QQ交談      小標(biāo) 您所在位置:首頁 > 技術(shù)文章 > 簡單擴(kuò)增體系中引物設(shè)計(jì)原則
產(chǎn)品搜索

請輸入產(chǎn)品關(guān)鍵字:

環(huán)境類標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)

藥品行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)品

抗生素

試劑盒

標(biāo)準(zhǔn)品

生物試劑

培養(yǎng)基

PCR相關(guān)產(chǎn)品

細(xì)胞相關(guān)試劑

Omega Biotek

金標(biāo)試劑盒

標(biāo)準(zhǔn)菌株

抗體

檢測、檢驗(yàn)試劑

食品安全檢測試劑盒

聯(lián)系方式
地址:上海市寶山區(qū)錦樂路
郵編:200431
聯(lián)系人:王小姐
電話:021-56640936
傳真:021-33250231
手機(jī):13122441390 15900755943
留言:發(fā)送留言
個(gè)性化:www.shifengsj.com
網(wǎng)址:www.shfeng-edu.com
商鋪:http://www.xldjsj.com/st236594/
技術(shù)文章

簡單擴(kuò)增體系中引物設(shè)計(jì)原則

點(diǎn)擊次數(shù):984 發(fā)布時(shí)間:2016-6-12

引物在PCR反應(yīng)中處于關(guān)鍵作用,引物決定著擴(kuò)增的特異性和擴(kuò)增的效率。而在目前DNA的化學(xué)合成技術(shù)非常成熟的情形下,引物設(shè)計(jì)是否合適是我們應(yīng)更為關(guān)注的層面。現(xiàn)在有很多的免費(fèi)的軟件或網(wǎng)絡(luò)資源(http://frodo.wi.mit.edu/primer3/)能輔助我們進(jìn)行引物設(shè)計(jì),這使我們總能找到適合我們自己應(yīng)用的引物設(shè)計(jì)工具。筆者用得較多的引物設(shè)計(jì)軟件有oligo 6.0,Primer premier 5。需要說明的是經(jīng)過細(xì)致推敲和計(jì)算的引物并不能保證擴(kuò)增一定能夠成功或,但嚴(yán)密的設(shè)計(jì)并系統(tǒng)地考慮一些應(yīng)該避免的問題,能使我們在大多數(shù)情形下找到我們所需要的引物。 筆者接觸PCR較早,較多地從事引物設(shè)計(jì)也有一年多的時(shí)間,其間也得到過許多老師的幫助指教,現(xiàn)將一些體會整理出來,希望能對大家有一些幫助,同時(shí)也盼望能得到更多的指點(diǎn)。

簡單擴(kuò)增體系中引物設(shè)計(jì)原則:

簡單體系,是指擴(kuò)增體系中模板較為單一且大部或全部模板序列已知,如經(jīng)過純化的短片段或純化后的重組質(zhì)粒等,是相對后面所提的復(fù)雜體系而言的一個(gè)粗略的分類。以下是一個(gè)大致的流程:

1, 考慮實(shí)驗(yàn)本身對這對引物的要求。如:待擴(kuò)增區(qū)域和擴(kuò)增產(chǎn)物長度,擴(kuò)增產(chǎn)物是否需要考慮移碼突變,是否需要在引物5’端引入酶切位點(diǎn)和引入哪些酶切位點(diǎn),是否需要引入點(diǎn)突變,…… 依據(jù)具體的實(shí)驗(yàn)而定。實(shí)際上,此步應(yīng)該是zui費(fèi)時(shí)間和精力的一步。

2, 引物的Tm值。主要需要考慮的因素有:I, 反應(yīng)體系對引物退火溫度的影響;如酶的zui適工作溫度對引物退火溫度的限制等。II,擴(kuò)增產(chǎn)物的Tm值。引物和產(chǎn)物的Tm值不要相差太大,20攝氏度范圍內(nèi)較好。定下引物的Tm值范圍之后即可定下引物的長度范圍。

3, 引物的二級結(jié)構(gòu)。包括引物自身二聚體、發(fā)卡結(jié)構(gòu)、引物間二聚體等。這些因素會影響引物和模板的結(jié)合從而影響引物效率。對于3’末端且5’端突出的引物二聚體,應(yīng)控制其ΔG大于-5.0kcal/mol或少于三個(gè)連續(xù)的堿基互補(bǔ),因?yàn)榇朔N情形的引物二聚體有進(jìn)一步形成更穩(wěn)定結(jié)構(gòu)的可能性,引物中間或5’端可適當(dāng)放寬。發(fā)卡結(jié)構(gòu)也以3’端或近3’端對引物-模板結(jié)合影響更大,影響發(fā)卡結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定性的因素除了堿基互補(bǔ)配對的鍵能之外,與莖環(huán)結(jié)構(gòu)亦有很大的關(guān)系。應(yīng)盡量避免3’末端有發(fā)卡結(jié)構(gòu)的引物。

4, 擴(kuò)增的特異性。好的設(shè)計(jì)工具會提供一個(gè)引物異位引發(fā)的評價(jià)指標(biāo),如oligo 6.0 的false priming efficiency,即異位引發(fā)效率,這個(gè)值是由程序根據(jù)引物自身二級結(jié)構(gòu)的能量、錯(cuò)配的類型、錯(cuò)配離3'末端的距離等因素綜合計(jì)算而得出,當(dāng)此值大于200時(shí)便很有可能引發(fā)擴(kuò)增。如所用工具無量化指標(biāo),則可依據(jù)經(jīng)驗(yàn),當(dāng)引物與模板在非預(yù)期位置退火,超過70%的堿基能互補(bǔ)配對,或引物3’末端連續(xù)8個(gè)或以上堿基配對,則認(rèn)為有引發(fā)的可能。

在簡單擴(kuò)增體系中,當(dāng)我們定好上述限制條件,如能找到適合這些條件的引物,便zui大可能地找到適合我們實(shí)驗(yàn)的引物。如不能滿足上述所有條件,則按所列順序依次滿足,總的來說遵循這樣一個(gè)秩序:擴(kuò)增出符合實(shí)驗(yàn)需要的產(chǎn)物→擴(kuò)增出能夠分辨分離的符合實(shí)驗(yàn)需要的產(chǎn)物→特異地?cái)U(kuò)增出符合實(shí)驗(yàn)需要的產(chǎn)物。同樣,這一先后秩序也適用于復(fù)雜的擴(kuò)增體系。

[ 打印 ] [ 返回頂部 ] [ 關(guān)閉

| 商鋪首頁 | 公司檔案 | 產(chǎn)品展示 | 供應(yīng)信息 | 公司動態(tài) | 詢價(jià)留言 | 聯(lián)系我們 | 會員管理 |
化工儀器網(wǎng) 設(shè)計(jì)制作,未經(jīng)允許翻錄必究.Copyright(C) http://www.xldjsj.com, All rights reserved.
以上信息由企業(yè)自行提供,信息內(nèi)容的真實(shí)性、準(zhǔn)確性和合法性由相關(guān)企業(yè)負(fù)責(zé),化工儀器網(wǎng)對此不承擔(dān)任何保證責(zé)任。
溫馨提示:為規(guī)避購買風(fēng)險(xiǎn),建議您在購買產(chǎn)品前務(wù)必確認(rèn)供應(yīng)商資質(zhì)及產(chǎn)品質(zhì)量。
二維碼 在線交流

掃一掃訪問手機(jī)站
主站蜘蛛池模板: 泰顺县| 邓州市| 新平| 临桂县| 福清市| 哈巴河县| 庆云县| 梁山县| 边坝县| 原阳县| 连江县| 祥云县| 巩义市| 汉阴县| 天等县| 望城县| 宜章县| 盱眙县| 姚安县| 时尚| 富民县| 天水市| 上犹县| 张家川| 芷江| 绥德县| 丹东市| 隆昌县| 宝鸡市| 宜黄县| 宝鸡市| 上思县| 敖汉旗| 漳平市| 淄博市| 桓台县| 宣威市| 绿春县| 浦江县| 册亨县| 肥西县|