顯微鏡的一些精密組件，如濾色塊、內(nèi)部光學元件以及相機等，應由廠家專業(yè)工程師進行清潔，用戶切勿擅自拆解。其他容易變臟的組件可由用戶自行清潔，這些組件包括：
物鏡
目鏡
雙目鏡筒
所有其他可以自由接觸的玻璃表面
確定污染位置
在開始清潔工作之前，首先應該準確找出污染物的位置。辨認相機上的污垢，只需要旋轉和移動相機，觀察污點位置是否會隨之改變即可。如果位置改變，那么污垢不在相機上。同理，物鏡上是否存在污染物也可以用這種方法進行辨別。
辨認其他組件上是否有污垢，可以在光線明亮的情況下用肉眼進行觀察，如果污垢隨著組件的移動而移動，則污垢在該組件上。辨認較大的灰塵顆粒和光學元件表面上的劃痕，可以使用放大鏡或通過相反的孔進行觀察。
各類型污染物如何清潔
光學元件都是精密器件，上面沾染的污染物更是種類繁多，常見的就有灰塵、玻璃渣等，還有皮膚分泌的油脂、觀察過程中使用的一些液體試劑等難清理的污垢。一般情況下，應當首先清除松動的污垢，接著清除水溶性污垢，最后清除只能用溶劑清除的污垢。
然而，要在不損壞組件的前提下，清潔顯微鏡，恢復圖像品質不是一件容易的事情，在這種情況下，探討清除特定類型污染物的最佳途徑就很有必要了。
浮塵處理方法
如果顯微鏡光學元件上只有浮塵（例如：載玻片玻璃粉塵、顯微鏡的皮膚薄片、衣物纖維、花粉等），最好是用壓縮空氣將其清除，吹氣球就足以產(chǎn)生所需的氣流。這種方法特別溫和，可防止光學元件損壞。
基本所有清潔都應該從吹氣球開始，因為這些浮塵能有一定的硬度，如果在除掉浮塵前直接接觸式清潔，可能倒置鏡片或鏡片上的鍍膜被刮傷，影響光學品質。
水溶性處理方法
清除水溶性污垢的方法操作簡單并且非常溫和。首先向污染物吹氣，氣息中的水蒸氣可用于清潔，然后用脫脂棉從污垢中心向外打圈以擦拭污垢，對于較大的光學表面（例如：管鏡片），需要從邊緣到中間，再由中心到邊緣進行螺旋運動，避免污垢在透鏡上擴散（如圖2）。需要特別注意的是，為避免污垢在透鏡上擴散，嚴禁使用鋸齒運動來清理光學元件。
圖二：光學原件處理方法
頑固污垢的處理方法
當清除頑固污垢時，嚴禁在頑固污垢干燥的情況下將其清除，只可用純?nèi)軇⒄麴s水和潔凈的工具，使用清洗液和合格的醫(yī)用棉簽或棉墊，確保它們不含有任何雜質，嚴禁使用產(chǎn)生摩擦的材料（例如：紙、超細纖維布等），避免損壞透鏡表面，產(chǎn)生劃痕。同時，需要避免使用丙酮和含銨溶劑進行清潔，以防損害顯微鏡塑料組件以及光學元件的抗反射涂層，并造成損壞。
鏡油的處理方法
每個標本觀察完后，需要取擦鏡紙，使用少量溶劑（例如：酒精、丙酮和二甲苯等）進行擦拭，再取新的擦鏡紙將鏡頭上的殘留液體擦凈，最后使用吹氣球去殘留的短絨，這樣才能清除鏡油（如圖3）。
有機溶劑大多含有毒性，不利于環(huán)保，使用時需小心，特別是丙酮，會和大多數(shù)類型的塑料、橡膠發(fā)生反應，溶解有機涂層。因此，一般少用丙酮清理顯微鏡，常用的溶劑是酒精等的混合溶液。
除此之外，擦鏡紙必須是專門用于高品質光學鏡頭的，存儲在有蓋容器中，防止空氣中的懸浮粒子污染。
顯微鏡的保管
顯微鏡使用后，應小心除去浸液物鏡上殘留的浸鏡油，最后將顯微鏡存放在干燥的室內(nèi)，并用防塵罩罩住。
通過上述方法，可以高效的對顯微鏡進行清潔，當然，更重要的是要在日常使用過程中以及保管期間有意識地避免儀器受到污染，由于顯微鏡的光學系統(tǒng)和機械系統(tǒng)都是經(jīng)過精密調(diào)整的，因此保管時也應該注意防震，以保持它固有的高效能，獲得效果不錯的圖像質量。
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