在為生物制藥潔凈設計時，首先要做出一張無塵車間的設計效果圖，并且設計的效果圖要經過藥廠的相關人員進行確認，設計方案要以能夠滿足藥廠生產為原則，要做到布局合理，生產緊湊的效果。在無塵車間設計當中，還要將車間的布局做好，一個是人流的出入口，一個是潔凈區，員工經潔凈區進入無塵車間的出入口，還有生產原料的出入口，再有就是成口的出入口，這些都是要在無法車間設計圖紙當中需要體現出來的。
生物制藥潔凈車間為藥廠進行無塵車間設計時，重要的還要對車間當中產生的塵土進行除塵，要保證生產空間當中，不會存在塵土以及粉塵的出現，要將這些會出現在空氣中的粉塵進行吸入并且進行過篩，進入到通道內進行吸收處理，不僅僅要做無塵車間，還要有除塵的設備，只有這樣才能保證無塵車間真正的做到無塵。無塵車間設計是需要進行一整套的，不光是車間的無塵的設計，還有除塵設備的配套。
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