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實時熒光定量PCR技術是通過測定RNA的轉錄水平來評估基因的活力。RNA樣本提取的質量直接影響基因表達分析。影響RNA品質的因素有以下三種：RNA濃度、RNA純度和RNA完整性。
檢測RNA濃度、純度和完整性的方式主要有以下幾種：
紫外分光光度計法：
測量260nm吸收值計算RNA濃度，測量260nm/280nm吸收值的比值，用于評估RNA純度。需要注意的是：在檢測核酸物質時應該在固定的PH溶液中進行。
260nm/280nm的比值范圍在 1.9~2.1 之間。＜1.9，說明有蛋白質殘留；＞2.1，說明RNA可能發生降解。
瓊脂糖凝膠電泳：
完整的RNA通常有三條帶，最亮的是28S條帶，其次是18S條帶，最淡的是5S條帶（部分試劑盒提取時會過濾掉5S條帶）。通過瓊脂糖凝膠電泳可以檢測28S和18S的比值。該方法主要用于檢測RNA的純度和完整性。
如果28S和18S條帶明亮、清晰、條帶銳利，28S的亮度在18S條帶的兩倍以上，我們認為RNA的質量。
若RNA條帶出現彌散，原因可能：RNA被核酸酶降解、電壓或電流過大、上樣量過高或過低等。
上述兩種方法在實驗室比較常用，此外還有幾種檢測方式供大家選擇。
熒光染料檢測：
通過熒光染料和RNA結合，熒光活性增強。此方法的靈敏度較高，主要用于檢測RNA的濃度。
微毛細管電泳：
可使用軟件的RIN（RNA Integrity Number）分數評估，10為RNA完整性最好，0為最差。此方法的靈敏度和分辨率較高，可用于檢測RNA濃度、純度和完整性。
3’-5’完整性檢測：
是在一個RNA樣本中檢測GAPDH mRNA的完整性來代表所有RNA的完整性，主要用于檢測RNA的完整性。
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