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ASFV非洲豬瘟病毒抗原檢測(cè)試紙條

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1、HUMAnN2
哈佛大學(xué)公共衛(wèi)生學(xué)院的Eric Franzosa為宏基因組數(shù)據(jù)分析開(kāi)發(fā)了HUMAnN2。*代HUMAnN主要是根據(jù)宏基因組或者宏轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),分析微生物通路在群體中是否存在。也就是說(shuō),給HUMAnN提供微生物群落的DNA或RNA序列,它就會(huì)告訴你這個(gè)群體能夠執(zhí)行什么樣的分子功能。HUMAnN2在HUMAnN的基礎(chǔ)上進(jìn)行了拓展,將微生物與特定活性關(guān)聯(lián)起來(lái)。
2、MetaPath
MetaPath也是一個(gè)用于宏基因組數(shù)據(jù)分析的重要工具。該工具由馬里蘭大學(xué)的副教授Mihai Pop開(kāi)發(fā),可以根據(jù)宏基因組數(shù)據(jù)分析特定群體在不同條件下的代謝變化。舉例來(lái)說(shuō),Pop的研究團(tuán)隊(duì)對(duì)胖人和瘦人進(jìn)行微生物組研究,通過(guò)MetaPath鑒定了脂肪酸生物合成通路的差異。
3、MEGAN5
MEGAN5也用于MetaGenome ANalyzer,初是在2007年開(kāi)發(fā)出來(lái),用于識(shí)別長(zhǎng)毛猛犸象骨中DNA測(cè)序研究的微生物污染。MEGAN5是發(fā)布的*版本,除了可以幫助進(jìn)行分類分析,也可以快速比較多個(gè)數(shù)據(jù)集,區(qū)分宏基因組中基因的功能,此外還提供元數(shù)據(jù)metadata支持和數(shù)據(jù)可視化的新途徑。
4、Nature Methods
此外,近期Nature Methods雜志發(fā)布了一個(gè)名為TruSPADES的強(qiáng)大工具,可以大大提升研究者們測(cè)序宏基因組的能力。這種算法能將Illumina測(cè)序儀生成的300bp短讀取,合并成大約1萬(wàn)bp的基因組片段(Synthetic Long Reads)。

    
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