氣相色譜儀具有能、高選擇性、高靈敏度和分析速度快等特點，但僅適合分析蒸氣壓低和沸點低的樣品，在有機物中僅有20%的樣品適合于氣相色譜儀分析。液相色譜儀彌補了氣相色譜儀的不足，適合分析80%的有機物。液相色譜儀與氣相色譜儀的差別如下：
一、分離機理：
1、液相色譜儀依據吸附、分配、篩析、離子交換與親和等多種原理進行分離，可選用的固定相種類多。
2、氣相色譜儀依據吸附和分配原理進行分離，可選用的固定相種類較多。
二、進樣方式：
1、液相色譜儀的樣品需制成溶液。
2、氣相色譜儀的樣品需加熱氣化或裂解。
三、流動相：
1、液相色譜儀：
（1）液體流動相可為離子型、極性、弱極性和非極性溶液，可與被分析樣品發生相互作用，并能改善分離的選擇性。
（2）液體流動相動力粘度大，流動相傳輸壓力高。
2、氣相色譜儀：
（1）氣體流動相為惰性氣體，不與被分析樣品發生相互作用。
（2）氣體流動相動力粘度小，流動相傳輸壓力低。
四、色譜柱：
1、液相色譜儀的固定相粒度為5～10um；填充柱內徑為3～6mm，柱長為10～25cm，柱效為103～104塊理論塔板/m；毛細管柱內徑為0.01～0.03mm，柱長為5～10m，柱效為104～105塊理論塔板/m；柱溫為常溫。
2、氣相色譜儀的固定相粒度為0.1～0.5mm；填充柱內徑為1～4mm，柱長為1～4m，柱效為102～104塊理論塔板/m；毛細管柱內徑為0.1～0.3mm，柱長為10～100m，柱效為103～104塊理論塔板/m；柱溫為常溫～300℃。
五、檢測器：
1、液相色譜儀：
（1）通用型檢測器：elsd和rid。
（2）選擇型檢測器：uvd、pdad、fd和ecd。
2、氣相色譜儀：
（1）通用型檢測器：tcd和fid。
（2）選擇型檢測器：ecd、fpd和npd。
六、柱外效應：
1、液相色譜儀的溶質在液相中的擴散系數很小，色譜柱以外的死空間應盡量小，以減少柱外效應對分離效果的影響。
2、氣相色譜儀的溶質在氣相中的擴散系數大，柱外效應影響較小，應盡量減小柱外效應對分離效果的影響。
七、應用：
1、液相色譜儀可分析低沸點和低分子量有機物、高沸點和高分子量有機物、無機離子化合物、熱不穩定化合物和生物活性物質等。
2、氣相色譜儀可分析低沸點和低分子量有機物及*氣體，配合程序升溫可分析高沸點有機物，配合裂解技術可分析高聚物等。
