熒光蛋白具有穩定性強、無物種專一性、易于在細胞內表達等特點，有利于在食品安全監控和環境微生物研究中進行菌株鑒定與追蹤，根據熒光強度進行定量分析。因此, 已作為標記物而廣泛應用于生命科學領域。目前, 常見的熒光標記有綠色熒光標記（GFP），紅色熒光標記（RFP）和mCherry，其成功標記案例在革蘭氏陽性菌和陰性菌中均有報道。本文主要介紹GFP、RFP和mCherry三種熒光標記的案例和運用。

綠色熒光蛋白(green fluorescent protein,GFP)作為一種理想的活體熒光標記分子，越來越多地被用于活細胞或微生物的定位、結構和動力學的研究，也可以通過測定GFP的熒光強度對菌株中GFP的表達量進行定量分析^[1]。GFP已經在許多細菌中完成了轉化，如：（1）利用GFP追蹤了乳酸乳球菌WH-C1在小鼠腸道內的定植情況；（2）利用GFP發現德氏乳桿菌D17嵌入在黏液層中，局部接近腸道的上皮細胞；（3）在植物乳桿菌WCFS1中進行GFP標記，研究WCFS1在腸道內的定植與分布。

紅色熒光蛋白 (Red Fluorescent Protein, RFP)相比綠色熒光蛋白 (GFP)其靈敏度更高, 是基于GFP基礎上的一種優良穩定的熒光蛋白。目前已在不同的菌株中成功進行RFP標記，如：（1）在根瘤菌中進行RFP熒光標記，可探究根瘤菌結瘤固氮能力及根瘤菌與土著菌競爭關系 ^[2]；（2）構建了以紅色熒光蛋白基因 (dsred2) 為標記, 以amy為報告基因的表達載體, 成功實現了融合基因dsred2-amy在干酪乳桿菌中的融合表達；（3）銅綠假單胞菌中轉入RFP標記，證實其在含油多孔物質中的遷移擴散及所受限制^[3]；（4）在幽門26695中構建了GFP和RFP熒光標記，用于探究幽門的遺傳調控和信號追蹤^[4]。

mCherry熒光蛋白也叫櫻桃熒光蛋白，是從蘑菇珊瑚（mushroom coral）中分離出來的單體紅色熒光蛋白，相較于其它單體熒光蛋白，其顏色和單體分子的光穩定性更強。mCherry熒光標記技術在細胞生物學、分子生物學和神經科學等多個領域都有廣泛應用，用于追蹤蛋白質、細胞器或其他生物大分子在活細胞中的分布和動態。近年來, mCherry用于熒光標記的研究報道逐漸增多, 相對其他熒光蛋白, 該熒光標記具有標記基因小、背景低等優點, 且與已報道的dsred2紅色熒光基因相比, 其熒光強度及穩定性更好。目前已成功在多種菌株中進行標記：如：（1）成功在蒙氏腸球菌ST4SA和植物乳桿菌423中進行mCherry熒光蛋白標記；（2）在植物乳桿菌中進行mCherry熒光蛋白標記，是探究其在生物體內的定位、示蹤及益生性作用機制的有效技術手段^[5]。

三種熒光標記各有優點，可以針對不同的菌株和實驗目的選擇熒光標記。銳志魔方生物在菌株熒光標記實驗上具有豐富的實踐經驗，成功設計并保存多種熒光標記載體，可以極大縮短客戶在熒光標記實驗上的周期。也可根據客戶不同菌株設計相應啟動子進行熒光標記實驗。目前已成功利用三親本結合、電轉等不同實驗方式，在多種菌株中成功構建不同的熒光標記。