一、服務簡介
STR(Short Tandem Repeat,短串聯重復序列)是一類廣泛存在于真核生物基因組中的DNA 串聯重復序列,其核心序列重復次數存在個體差異多態性,因此STR也被稱為細胞的DNA指紋。據估計,已建立的細胞系中,約20%是錯誤的細胞類型或物種起源,約30%存在種間或種內交叉污染(ICLA受污染細胞清單)。細胞系的交叉污染和錯誤辨識已成為生物醫學基礎研究和生物醫藥產業的重大危害,并導致科學研究結論錯誤、結果不可重復、臨床細胞治療失敗等。因此NIH、ATCC、Science和Nature等機構多次發出呼吁并要求研究者對細胞進行鑒定。無論是文章投稿、基金申請、細胞治療還是構建細胞庫,細胞是否有“身份”都是重要環節。
本單位可以提供快速、可靠的人源細胞STR鑒定服務,出具用于論文發表的中文或中英文檢測報告,包括常規檢測(8個位點和1個性別決定位點,此9位點為投稿要求的必檢位點)、超常檢測(20個位點和1個性別決定位點)。
二、服務內容
(一)服務流程
(二)服務特點
1.采用國際目前的STR檢測技術。ABI 3130xl DNA Analyzer(Applied Biosystems®)進行分析;檢測結果用 GeneMapper ID-X v1.5 (Applied Biosystems®)軟件進行分析。
2.靈敏度高。可以鑒別細胞樣本中含有的少量其他人源細胞污染,檢測線為皮克級:30pg/μL。
3.參考國際細胞鑒定委員會(ICLAC)發布的細胞鑒定標準:人源細胞鑒定采用STR檢測方法。其中舊版(ASN-0002-2011):包含8個STR基因座位點。新版(ASN-002-2022)建議包含13個及以上STR基因座位點。
4.鑒定報告中文版或中英版(自選),以及圖譜(見人源細胞STR分型檢測圖譜)。報告列舉和標準細胞庫匹配度≥80%的細胞STR數據列表,同時附上STR分型數據結果在標準細胞庫的比對截圖,使結果更加直觀,便于分析理解。
5.種屬鑒定作為輔助檢測。當對樣本進行人源細胞STR分型檢測時,發現是非人源的,則進行種屬鑒定,確認樣本種屬。
(三)注意事項
1.樣品寄送:用戶提供DNA或細胞 樣本,加冰袋運輸;同時請注明細胞數量或DNA含量,DNA 含量大于50ng/μl,體積大于20μl。如提供細胞,請提供PBS細胞懸浮液,離心沉淀,去上清液,可常溫特快專遞運輸(京外客戶推薦方法);細胞數量≥106個。
2.正常檢測周期5-7個工作日,加急2-3個工作日。同時,可以提供人源細胞STR分型檢測整體解決方案,即提供ABI 3130xl和配套的試劑軟件,技術培訓,實現自行檢測,控制檢測時間。
3.本單位所提供的人源細胞STR分型檢測可分為科研級,工業級。科研檢測:遵循ISO17025原則,樣本、數據長期保存,不支持現場審查;工業級:遵循ISO17025原則,樣本、數據長期保存,支持現場審查。
(四)結果交付
檢測結果以電子版的形式發放到訂單或合同上面預留的郵箱,書面報告可根據需要隨時提供,寄送到貴單位。
三、人源細胞STR鑒定21位點
人類細胞21個基因座檢測。目前基因座最多的檢測服務,所選用的基因座不僅包含ATCC和JCRB細胞庫中的基因座,更添加11個高度多態性位點,可方便與數據庫進行比對,準確性高。位點如下:
比對數據庫:ATCC、DSMZ、JCRB、COG、ECACC、KCLB、ICLC...
備注:
1.根據 ANSI 制定的國際標準,細胞系的匹配度≥80% 時,認為它們具有相關性,即衍生于共同的祖先細胞;匹配度在 55% 至 80% 之間,需要進一步驗證相關性;小于 55%,表明兩者不具有相關性。
2.有效峰為真實的PCR 條帶;小峰和非特異性條帶在計算中忽略不計。
3.本匹配度計算默認依照 ATCC 的計算規則,少數情況時依照 DSMZ 的計算規則,若有個性化需求委托方可提前提出。
4.委托方細胞樣本若為干細胞,免疫細胞,原代細胞等細胞,且未提交至公開數據庫,STR 數據與數據庫比對無意義。
5.STR 數據比對默認 ATCC,DSMZ,JCRB 等細胞庫,也可比對 ECACC,COG,CBA,KCLB 等數據庫或文獻,需提前注明被檢樣本的比對來源。