高通量單細胞基因組甲基化測序（scRBS）
- 公司名稱 深圳市易基因科技有限公司
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- 廠商性質(zhì) 生產(chǎn)廠家
- 更新時間 2023/3/3 17:12:39
- 訪問次數(shù) 339
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大家好，這是專注表觀組學(xué)十余年的易基因。
與常規(guī)RRBS不同，高通量單細胞甲基化測序sc-RBS由于從單個細胞輸入的DNA量很少，常規(guī)方法不能保證目標DNA在最后的擴增過程中保持不變，因此sc-RBS在降損方面進行細化。易基因建立的高通量單細胞甲基化測序sc-RBS技術(shù)無需純化，通過限制性內(nèi)切酶消化、接頭連接過程和在單管中轉(zhuǎn)化重亞硫酸鹽，是一種專注于將純化過程中發(fā)生的損失降至較低的方法。
應(yīng)用方向：
細胞發(fā)育：生殖細胞或胚胎細胞的成熟受到特定基因表達的影響，這與DNA中的甲基化水平相關(guān)。
疾病相關(guān)研究：在各種疾病中（尤其癌癥），具有正常細胞所不具有的DNA甲基化模式，從而導(dǎo)致基因表達水平的差異。
樣本：高通量單細胞甲基化測序特別適用于難以取得的樣本和細胞異質(zhì)性較大的組織樣本。
技術(shù)優(yōu)勢：
起始量：單細胞或1-10個細胞；
分辨率高：單堿基分辨率；
細胞檢測通量高：可對上百成千個單細胞進行甲基化檢測
CG覆蓋位點高：CG位點覆蓋可達4-8M；
性價比高：單個細胞檢測費用低至千余元。
技術(shù)路線：
實驗策略：
分析內(nèi)容：
送樣要求：
技術(shù)指標：
經(jīng)典案例
sc-RBS+RNA-seq測序揭示AFTB1誘導(dǎo)S期阻滯L02細胞肝毒性新機制
Single-cell sequencing reveals novel mechanisms of Aflatoxin B1-induced hepatotoxicity in S phase-arrested L02 cells
背景
大量研究證據(jù)表明AFTB1（Aflatoxin B1 ,AFB1）誘導(dǎo)的毒性包括抑制細胞增殖、氧化應(yīng)激、DNA損傷、細胞周期阻滯和細胞凋亡，特別是針對肝臟細胞具有強烈的毒性。但AFB1毒性的表觀遺傳機制目前尚不清楚，需要進一步探討。
方法
本研究通過單細胞測序技術(shù)（scRNA-seq + sc-RRBS）研究AFB1誘導(dǎo)S期阻滯L02細胞肝毒性機制。
結(jié)論
單細胞測序技術(shù)結(jié)果發(fā)現(xiàn)AFB1可誘導(dǎo)細胞凋亡和細胞周期S期阻滯，降低線粒體膜電位(ΔΨm)，增加活性氧(ROS)生成。通過gonadotropins，Gn釋放激素受體通路，Wnt信號傳導(dǎo)通路，TGF-β信號通路等調(diào)節(jié)DNA甲基化水平。研究結(jié)果揭示了AFB1對S期阻滯L02細胞誘導(dǎo)的肝毒性機制，其中DNA甲基化通過調(diào)控gonadotropins，Gn釋放激素受體通路、Wnt信號傳導(dǎo)通路和TGF-β信號通路發(fā)揮作用，為進一步研究精確毒理學(xué)提供了新的探索策略，包括靶細胞選擇、多組非定向測序和通路分析。
圖：基于單細胞測序結(jié)果，研究人員提出AFB1誘導(dǎo)的S期阻滯L02細胞肝毒性調(diào)節(jié)機制的假設(shè)
參考文獻：
Zhang B, Dai Y, Zhu L, He X, Huang K, Xu W. Single-cell sequencing reveals novel mechanisms of Aflatoxin B1-induced hepatotoxicity in S phase-arrested L02 cells. Cell Biol Toxicol. 2020 Dec;36(6):603-608.
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