產品信息

產品描述

Hieff NGS^® Ultima Pro DNA Library Prep Kit for Illumina^® V2是針對Illumina^®高通量測序平臺專業開發設計的新一代建庫試劑盒。本產品采用高質量的酶學組成，在前一代建庫試劑盒的基礎上，改進了DNA片段末端修復和加A效率，同時改善了接頭連接效率。本試劑盒采用新型的高保真酶，顯著提高擴增均一性和保真性，可應用于常規動植物基因組、微生物基因組、FFPE、cfDNA、ChIP DNA等樣本，助力獲得優異的測序數據。

適用100 pg-1000 ng所有DNA樣本，包含cfDNA、FFPE等

業界的文庫轉化率，最高可達70%以上

多樣本驗證可獲得優異的文庫與測序數據

嚴格的批次性能與穩定性質控

全能型DNA建庫試劑盒V2組分

運輸與保存方法

冰袋運輸。所有組分-20 °C保存，有效期1年。

注意事項

一、關于操作

1. 為了您的安全和健康，請穿實驗服并戴一次性手套操作。

2. 請于使用前將試劑盒各組分置于室溫解凍。解凍后上下顛倒數次充分混勻，短暫離心后置于冰上待用。

3. 配制各步驟反應液時推薦使用移液器吹打混勻或輕輕振蕩，劇烈振蕩可能會造成文庫產出下降。

4. 為避免樣品交叉污染，推薦使用帶濾芯的槍頭，吸取不同樣品時請更換槍頭。

5. 推薦在帶熱蓋的PCR儀中進行各步驟反應，使用前應預熱PCR儀至反應溫度附近。

6. PCR產物因操作不當極容易產生氣溶膠污染，進而影響實驗結果準確性。推薦將PCR反應體系配制區和PCR產物純化檢測區進行強制性的物理隔離；使用專用的移液器等設備；并定時對各實驗區域進行清潔（使用0.5%次氯酸鈉或10%漂白劑進行擦拭清理），以保證實驗環境的潔凈度。

7. 本產品僅作科研用途！

二、關于DNA片段化

1. 本試劑盒中兼容機械法及酶切法片段化的DNA。

2. 本試劑盒兼容范圍為100 pg - 1000 ng Input DNA。應盡可能使用A₂₆₀/A₂₈₀ = 1.8-2.0的高質量Input DNA。表1中列舉了將本試劑盒應用于常見應用中推薦的Input DNA量。

表1  常見應用中推薦Input DNA量

【注】：上表為使用高質量DNA時推薦的Input DNA量，當Input DNA質量較差或需要進行片段分選時，應適當上調使用量。

3. Input DNA特指投入末端修復/dA尾添加步驟中的DNA。

4. Input DNA制備過程中帶入的高濃度金屬離子螯合劑或其他鹽，可能會影響末端修復/dA尾添加步驟反應效率，建議DNA片段化后進行磁珠純化或分選。當使用機械法進行DNA片段化且產物不進行純化或長度分選而直接建庫時，請將DNA稀釋在TE Buffer中進行片段化，請勿在滅菌超純水中進行。

三、關于接頭連接（Adapter Ligation)

1. 針對Illumina^®測序平臺，Yeasen提供48種Barcoded Adapters: Hieff NGS^® Complete Adapter Kit for Illumina^®, Set 1~Set 4 (Cat#12615~Cat#12618)；單端 96種 Index Primers: Hieff NGS^® 96 Single Index Primers Kit for Illumina^®, Set 1~Set 2  (Cat#12611~Cat#12612)；雙端384種CDI Primers：Hieff NGS^® 384 CDI Primer for Illumina^®，Set 1~Set 2 (Cat#12412~Cat#12413)；雙端384種UDI Primers: Hieff NGS^® Stubby UDI Primer Kit for Illumina^® (Cat#12404~Cat#12407)。

2. Adapter的質量和使用濃度直接影響連接效率及文庫產量。Adapter用量過高可能會產生較多Adapter Dimer；用量較低可能會影響連接效率及文庫產量；使用Adapter時根據Input DNA量用TE Buffer進行相應稀釋。表2列舉了使用本試劑盒的不同Input DNA量推薦的Adapter稀釋方法。

表2  500 pg-1000 ng Input DNA推薦的Adapter使用濃度

四、關于磁珠純化與分選 (Bead-based Clean Up and Size Selection)

1. DNA片段長度分選步驟可選擇在末端修復/dA尾添加之前，或接頭連接后，或文庫擴增后進行。

2. 當Input DNA質量≥50 ng，您可選擇在接頭連接后分選；如Input DNA質量<50 ng，建議您在文庫擴增后進行分選。

3. Ligation Enhancer中包含高濃度的PEG，會對雙輪磁珠分選產生顯著影響。因此，如在接頭連接后進行長度分選，必須先進行純化步驟，再進行雙輪分選步驟；如在末端修復/dA尾添加之前或文庫擴增后進行長度分選，可直接進行雙輪磁珠分選步驟。

4. 磁珠使用前應先平衡至室溫，否則會導致得率下降、分選效果不佳。

5. 磁珠每次使用前都應充分振蕩混勻或使用移液器上下吹打充分混勻。

6. 轉移上清時，請勿吸取磁珠，即使微量殘留都將影響后續文庫質量。

7. 磁珠漂洗使用的80%乙醇應現用現配，否則將影響回收效率。

8. 進行長度分選時，初始樣品體積應盡量≥100 μL，不足時請用超純水補齊。以防因樣品體積太小導致移液誤差增大。

9. 產物洗脫前應將磁珠置于室溫干燥。干燥不充分容易造成無水乙醇殘留影響后續反應；過分干燥又會導致磁珠開裂進而降低純化得率。通常情況下，室溫干燥3-5 min足以讓磁珠充分干燥。

10. DNA純化或長度分選產物如需保存，可使用TE Buffer洗脫，產物可于4 °C可保存1-2周，-20 °C可保存1個月。

五、關于文庫擴增 (Library Amplification)

1. 是否需要進行文庫擴增取決于Input DNA量、Adapter是否為完整長度、應用需要等因素。如使用非完整長度Adapter，必須進行這一步驟。如使用完整長度Adapter，當Input DNA<200 ng時，推薦進行文庫擴增；當Input DNA≥200 ng或者不需要進行文庫擴增時，可不進行文庫擴增。

2. 文庫擴增步驟需要嚴格控制擴增循環數。循環數不足，將導致文庫產量低；循環數過多，又將導致文庫偏好性增加、重復度增加、嵌合產物增加、擴增突變積累等多種不良后果。表3列舉了使用本試劑盒，獲得1 μg文庫的推薦循環數。

表3  100 pg-1000 ng Input DNA獲得1 μg產物擴增循環數推薦表

【注】：

1. 表3為使用200 bp左右的高質量Input DNA測試的循環數參數。FFPE DNA質量差異較大，當DNA質量較差或文庫長度較長時，需適當提高循環數以獲取足量文庫。

2. 如果建庫過程中需要進行過片段分選，推薦較高循環數進行Library Amplification；反之則參照較低循環數即可。

3. 如果使用了不完整的接頭，需要擴增至少2個循環，形成完整的接頭。

六、關于文庫質檢 (Library Quality Analysis)

1. 通常情況下，構建好的文庫可通過長度分布檢測和濃度檢測來進行質量評價。

2. 文庫濃度檢測可使用：基于雙鏈DNA熒光染料的方法，如Qubit^®、PicoGreen^®等；基于qPCR絕對定量的方法。

3. 文庫濃度檢測不可使用：基于光譜檢測的方法，如NanoDrop^®等。

4. 推薦使用qPCR方法進行文庫濃度檢測：Qubit^®、PicoGreen^®等基于雙鏈DNA熒光染料的濃度測定方法時，無法有效區分單端連接Adapter的產物、兩端均未連接Adapter的產物以及其他不完整雙鏈結構產物；qPCR絕對定量基于PCR擴增原理，僅定量樣品中兩端Adapter完整的文庫（即可測序的文庫），可排除單端或雙端都不連接Adapter的不可測序文庫的干擾。

5. 文庫長度分布檢測，可通過Agilent Bioanalyzer 2100等基于毛細管電泳或微控流原理的設備進行檢測。

使用方法

一、自備材料

1. 純化磁珠：Cat#12601，Hieff NGS^® DNA Selection Beads或Cat#A63880，AMPure XP Beads或其他等效產品。

2. DNA質控：Agilent Technologies 2100 Bioanalyzer或其他等效產品。

3. DNA Adapter：可選Yeasen 48種Barcoded Adapters: Hieff NGS^® Complete Adapter Kit for Illumina^®, Set 1~Set 4 (Cat#12615~Cat#12618)；單端 96種 Index Primers: Hieff NGS^® 96 Single Index Primers Kit for Illumina^®, Set 1~Set 2  (Cat#12611~Cat#12612)；雙端384種CDI Primers：Hieff NGS^® 384 CDI Primer for Illumina^®, Set 1~Set 2 (Cat#12412~Cat#12413)；雙端384種UDI Primers: Hieff NGS^® Stubby UDI Primer Kit for Illumina^® (Cat#12404~Cat#12407)。

4. 其他材料：無水乙醇、滅菌超純水、TE Buffer (10 mM Tris-HCl，pH 8.0-8.5+1 mM EDTA)、低吸附EP管、PCR管、磁力架、PCR儀等。

二、操作流程

圖1  Hieff NGS^® Ultima Pro DNA Library Prep Kit for Illumina操作流程

三、操作步驟

3.1 末端修復/dA尾添加 (End Repair/dA-Taling)

該步驟將片段化后的Input DNA末端補平，并進行5’端磷酸化和3’端加dA尾。

1. 將表4中各試劑解凍后，顛倒混勻，置于冰上備用。

2. 于無菌PCR管中配制表4所示反應體系。

表4  末端修復/dA尾添加PCR反應體系

3. 使用移液器輕輕吹打或振蕩混勻，并短暫離心將反應液離心至管底。

4. 將上述PCR管置于PCR儀，設置表5所示反應程序，進行末端修復/dA尾添加反應。

表5  末端修復/dA尾添加PCR反應程序

3.2 接頭連接 (Adapter Ligation)

該步驟將3.1步驟的產物末端，連接特定的Illumina^®接頭。

1. 根據Input DNA量按表2稀釋Adapter至合適濃度。

2. 將表6中各試劑解凍后顛倒混勻，置于冰上備用。

3. 于3.1步驟PCR管中配制表6所示反應體系。

表6  Adapter Ligation PCR體系

【注】：*Ligation Enhancer比較粘稠，請上下顛倒、振蕩，充分混勻并瞬時后離心使用。

**本公司接頭濃度與常規商業化試劑盒一致，皆為15 μM。請根據注意事項三中的提示，對接頭進行稀釋，加水補齊，使接頭體積為5 μL。

4. 使用移液器輕輕吹打或振蕩混勻，并短暫離心將反應液收集至管底。

5. 將PCR管置于PCR儀中，設置表7所示反應程序，進行接頭連接反應：

表7  Adapter Ligation PCR反應程序

【注】：當Input DNA量較低，實驗效果不理想時，可嘗試將連接時間延長一倍。

3.3 連接產物磁珠純化 (Post-Ligation Clean Up)

該步驟使用磁珠對3.2步驟的產物進行直接純化或分選。純化可除去未連接的Adapter或Adapter Dimer等無效產物。直接純化步驟參考3.3.1，分選步驟參考3.3.2。

3.3.1 純化操作步驟：

1. 準備工作：將Hieff NGS® DNA Selection Beads磁珠由冰箱中取出，室溫平衡至少30 min。配制80%乙醇。

2. 渦旋振蕩或充分顛倒磁珠以保證充分混勻。

3. 吸取60 μL Hieff NGS® DNA Selection Beads (0.6×，Beads:DNA=0.6:1)至Adapter Ligation產物中，渦旋混勻或移液器吹打10次混勻，室溫孵育5 min。

4. 將PCR管短暫離心并置于磁力架中分離磁珠和液體，待溶液澄清后（約5 min），小心移除上清。

5. 保持PCR管始終置于磁力架中，加入200 μL新鮮配制的80%乙醇漂洗磁珠，室溫孵育30 sec后，小心移除上清。

6. 重復步驟5，總計漂洗兩次。

7. 保持PCR管始終置于磁力架中，開蓋空氣干燥磁珠至剛剛出現龜裂（不超過5 min）。

8. 將PCR管從磁力架中取出，進行洗脫：

1)如產物無需進行片段分選，直接加入21 μL ddH2O，渦旋振蕩或使用移液器輕輕吹打至充分混勻，室溫靜置5 min。【注】：如純化產物如需保存，可使用TE Buffer洗脫。將PCR管短暫離心并置于磁力架中靜置，待溶液澄清后（約5 min），小心移取20 μL上清至新PCR管中，切勿觸碰磁珠。

2)如產物需進行雙輪分選，加入102 μL ddH2O，渦旋振蕩或使用移液器輕輕吹打至充分混勻，室溫靜置5 min。

【注】：如純化產物如需保存，可使用TE Buffer洗脫。將PCR管短暫離心并置于磁力架中靜置，待溶液澄清后（約5 min），小心移取100 μL上清至新PCR管中，切勿觸碰磁珠。

3.3.2 雙輪分選操作步驟：

1. 準備工作：將Hieff NGS® DNA Selection Beads磁珠由冰箱中取出，室溫平衡約30 min。配制80%乙醇。

2. 請渦旋振蕩或充分顛倒磁珠以保證混勻。

3. 根據DNA片段長度要求，參考表8向上述100 μL DNA上清中加入第一輪分選磁珠，渦旋或移液器吹打10次混勻。

表8  磁珠文庫分選推薦比例

【注】：表中“×”表示樣品DNA體積。如文庫插入片段長度為250 bp，樣品DNA體積為100 μL，則第一輪分選磁珠使用體積為0.70×100 μL=70 μL；第二輪分選磁珠使用體積為0.20×100 μL=20 μL；表中所推薦比例是針對于Adapter Ligated Insert DNA (Post Ligation)，如果用戶在接頭連接前進行分選，請采用Hieff NGS^® DNA Selection Beads (Cat#12601)說明書中推薦的比例。

4. 室溫孵育5 min。

5. 將PCR管短暫離心并置于磁力架中，待溶液澄清后（約5 min），小心轉移上清到干凈的離心管中。

6. 參考表8向上清中加入第二輪分選磁珠。

7. 渦旋混勻或移液器吹打10次混勻，室溫靜置5 min。

8. 將PCR管短暫離心并置于磁力架中，待溶液澄清后（約5 min），小心移除上清。

9. 保持PCR管始終處于磁力架中，加入200 μL新鮮配制的80%乙醇漂洗磁珠，室溫孵育30 sec，小心移除上清。

10. 重復步驟9。

11. 保持PCR管始終處于磁力架中，開蓋干燥磁珠至剛剛出現龜裂（約5 min）。

12. 將PCR管從磁力架中取出，加入適量21 μL ddH₂O，渦旋振蕩或使用移液器輕輕吹打充分混勻，室溫靜置5 min。

13. 將PCR管短暫離心并置于磁力架中分離磁珠和液體。待溶液澄清后（約5 min），小心轉移20 μL上清至干凈的管中。

3.4 文庫擴增 (Library Amplification)

該步驟將對純化或長度分選后的接頭連接產物進行PCR擴增富集。

1. 將表9中試劑解凍后顛倒混勻，置于冰上備用。

2. 于無菌PCR管中配制表9所示反應體系。

表9  PCR擴增反應體系

【注】：*如果使用的是完整接頭（Cat#12615~ Cat#12618），使用試劑盒中的Primer Mix進行擴增；如果使用了不完整的接頭（Cat#12611~Cat#12612、Cat#12412~Cat#12413、Cat#12404~Cat#12407），請參照上述試劑盒說明書，使用其中配備的Index Primer進行擴增。

3. 使用移液器輕輕吹打或振蕩混勻，并短暫離心將反應液收集至管底。

4. 將PCR管置于PCR儀中，設置表10所示反應程序，進行PCR擴增。

表10  PCR擴增反應程序

3.5 擴增產物磁珠純化或分選 (Post Amplification Clean Up/Size Selection)

同3.3.1步驟中純化操作步驟。使用Hieff NGS® DNA Selection Beads (0.9×，Beads:DNA=0.9:1)純化文庫擴增產物。

如需分選，操作方法同3.3.2雙輪分選步驟（純化步驟可省略）。

3.6 文庫質量控制

通常情況下，構建好的文庫可通過濃度檢測和長度分布檢測來進行質量評價，具體請參見注意事項六。