德國 DECODON 公司之 Delta2D 分析軟件在雙向凝膠(2D 及DIGE)分析中*應用點對點圖像變形技術(warping) ,通過簡單步驟,使用TIGR Multiple Experiment Viewer 數學程式 (MeV, version 4.0, tm4.org/mev.html, Saeed et al. 2003) 并配合全新*智能向量技術 (SmartVectors™ Technology)更快, 更有效, 更準確進行2D凝膠圖像處理
1. 有效消除不同2D凝膠間于跑膠時所產生的微少區別, 免去一系列冗長枯燥的斑點匹配和邊界確定的編輯工作,并可視化比較斑點, 達致* 斑點匹配 (* Spot Matching)。
2. 配合融合圖像技術(Image Fusion),把多個圖像透過點對點變形合并到一個新的圖像中。從而創建一個擁有所有能收集到的斑點的蛋白組圖譜(proteome map) 或 把多個平行實驗精簡到單個平均圖像來進行分析。
3. 實時網上偵察和量化分析 (GenBank , GenoList 及其它),你能更快更簡單分析眾多的2-D膠和DIGE膠, 并能取得更多信息。
4. 能完整及準確表達2-D 及DIGE 電泳圖像, 并能進行管理和注釋斑點信息, 報告和導出結果。5. 2010年發表的相關文章:Delta2D 和 Proteomweaver:兩款2-DE分析工具的性能評估
主要內容如下:
Delta2D 和 Proteomweaver:兩款2-DE分析工具的性能評估
Delta2D and Proteomweaver: Performance evaluation of two different
approaches for 2-DE analysis
Electrophoresis 2010, 31, 1311–1317
Renato Millioni1、Manuela Miuzzo2、Stefano Sbrignadello、Ellen Murphy11,3、Lucia Puricelli1、Andrea Tura3、Elisa Bertacco1、Marcello Rattazzi1、Elisabetta Iori1、Paolo Tessari1
電泳學雜志《Electrophoresis》于2010年31卷發表了一篇Decodon公司的2-DE(2D凝膠電泳)分析軟件Delta2D (D2D)與另一款同類分析軟件Proteomweaver (PW)性能比較的文章,題目是:《Delta2D 和 Proteomweaver:兩款2-DE分析工具的性能評估》。主要內容如下:
2-DE是研究蛋白質組的重要手段。然而,盡管2-DE技術能夠同時高效分離多個蛋白質,但該技術的不足之處在于重復性差,特別是在比較不同實驗室的實驗數據時尤為明顯。2-DE電泳產生差異的原因主要可分為兩類:實驗過程中造成的和實驗后造成的。實驗過程中差異的出現主要是由物理和化學參數決定的;而實驗后造成差異的主要原因是使用不同的分析軟件,特別是工作程序的不同。用于分析2-DE的軟件很多,對凝膠圖像的識別與處理方式各不相同;目前為止尚未有相關研究說明這些分析軟件在2-DE分析過程中的優劣。在Electrophoresis 的這篇文章里面,意大利Padua大學的Renato Millioni等人利用Delta2D和 Proteomweaver兩套軟件對相同的凝膠圖像(標準凝膠、實驗凝膠圖像)進行分析比較,結果顯示:對于標準凝膠圖像,比起PW來,D2D的錯漏數低50%、假陽性數低77%、陽性正確率高19%,并且斑點匹配率高4%;在實驗凝膠圖像的比較中發現D2D要比PW節省30%的時間,并且人為參與的部分更少。
軟件:Proteomweaver version 3.0(Bio-Rad, CA, USA) ,Delta2D version 4.0 (Decodon, Greifswald, Germany)
凝膠圖像:
實驗凝膠圖像:來自Padua大學的Renato Millioni實驗室實驗凝膠圖像,共兩組(組A,組B,如圖1)
圖像變形:通過對軟件相關參數的設置模擬凝膠在實驗過程中因各種物理化學參數產生的凝膠變形。
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