化學合成的多肽抗原是小分子, 本身很難具有好的抗原性,只能誘導動物產生很弱的免疫反應,因而與載體蛋白交聯是很重要的。載體蛋白含有很多抗原決定基,能夠刺激T-幫助細胞,進而誘導 B-細胞反應。用于與多肽交聯的載體蛋白有多種,其中zui常用的是keyhole limpet hemacyanin (KLH), 牛血清白蛋白(bovine serum albumin,BSA), 卵清蛋白(ovalbumin,OVA)和牛甲狀腺球蛋白(bovine thyroglobulin,THY)。KLH具有更高的抗原性,是zui為常用的多肽交聯載體。BSA也常用來作為多肽載體,但由于BSA經常被用做檢測試驗的阻斷劑而使得該方法生產的抗體在應用上存在著一定的局限性。
設計合成性多肽常常被忽略的一個方面是如何將多肽交聯到載體蛋白上。例如,N-端序列需要通過C-端氨基酸交聯,而C-端序列則需要通過N-端氨基酸交聯。內部序列則可以交聯到任何一端。內部序列交聯的另一考量則是將非共軛端酰基化或氨基化,因為原蛋白分子序列中不會含有帶電荷的末端。zui常用的交聯方法都是基于自由氨基(alph-氨基 或 Lys)、sufhydryl (Cys)或羧基集團(Asp, Glu, 或 alpha-羧基)的存在。所有的交聯方法都應該是通過羧基或氨基端殘基將多肽交聯到載體蛋白上。所選序列不能有多個殘基都能參與所選交聯化學反應。如果多個反應位點存在,可以考慮將多肽序列縮短,或者選擇所有反應位點都位于一端的多肽。對于內部序列通常會使用離所預測抗原位點較遠的一端進行交聯,這樣可以避免可能的屏蔽問題
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