naica®微滴芯片數(shù)字PCR準(zhǔn)確檢測(cè)精細(xì)胞中tRFs差異表達(dá)
導(dǎo)讀
除了在蛋白質(zhì)翻譯中的作用外,tRNA可以被切割成較短的生物活性片段,稱為tRNA片段(tRFs)。來自精細(xì)胞的特定tRFs可以引起第二代小鼠中代謝紊亂。因此,種系細(xì)胞中的tRFs是表觀遺傳的一種機(jī)制,然而壓力和毒素會(huì)導(dǎo)致tRFs模式的改變。華盛頓大學(xué)婦產(chǎn)科臨床研究部的研究人員在MOLECULAR HUMAN REPRODUCTION上發(fā)表題為《Men who inject opioids exhibit altered tRNA-Gly-GCC isoforms in semen》的文章。本研究對(duì)注射阿片類藥物(一個(gè)重要的壓力源)是否會(huì)影響生殖細(xì)胞中的tRFs感興趣。研究者對(duì)來自注射阿片類藥物病人(PWID)和非藥物使用對(duì)照組精液來源外泌體及精母細(xì)胞進(jìn)行了RNA測(cè)序。測(cè)序后采用naica®微滴芯片數(shù)字PCR技術(shù)驗(yàn)證數(shù)據(jù),該技術(shù)的應(yīng)用為藥物濫用相關(guān)生育問題的研究提供了新的策略和方法。
阿片類藥物濫用對(duì)生殖系統(tǒng)的影響一直備受關(guān)注。近期一項(xiàng)研究揭示了注射阿片類藥物的男性精液中tRNA-Gly-GCC外泌體的變化。該研究通過數(shù)字PCR技術(shù)檢測(cè)tRNA-Gly-GCC外泌體,發(fā)現(xiàn)未注射阿片類藥物的男性與注射阿片類藥物的男性精液中tRNA-Gly-GCC外泌體存在顯著差異。
tRNA-Gly-GCC外泌體在精子發(fā)生和成熟過程中扮演關(guān)鍵角色。研究結(jié)果表明,這些差異可能與精子質(zhì)量和生育能力的下降有關(guān)。naica®微滴芯片數(shù)字PCR技術(shù)在本研究中的應(yīng)用,不僅提供了高靈敏度和高準(zhǔn)確性的檢測(cè)方法,對(duì)揭示阿片類藥物對(duì)生殖系統(tǒng)的影響具有重要意義。
應(yīng)用亮點(diǎn):
? naica®微滴芯片數(shù)字PCR技術(shù)可以在RNA濃度低于檢測(cè)下限的樣品中檢測(cè)兩種tRFs形式。
? naica®微滴芯片數(shù)字PCR結(jié)果與RNA測(cè)序結(jié)果具有很好的相關(guān)性,但比測(cè)序具有更高的靈敏度和準(zhǔn)確性,有助于深入了解長(zhǎng)期使用阿片類藥物的生物學(xué)影響。
研究結(jié)果:
▲圖1.男性長(zhǎng)期使用阿片類藥物導(dǎo)致精子中tRF-Gly亞型比例的變化,使用naica®微滴芯片數(shù)字PCR技術(shù)定量tRFs。成熟精子細(xì)胞通過45-90% Percoll梯度純化,并使用核苷素試劑盒分離小RNA。cDNA使用一種特定的莖環(huán)RT引物與“長(zhǎng)”tsRNA亞型(53個(gè)核苷酸長(zhǎng))或另一種靶向“短”tsRNA變體(32個(gè)核苷酸長(zhǎng))的特定RT引物生成。(A)每微升cDNA中“長(zhǎng)”tRF Gly-GCC亞型的濃度。(B)每微升cDNA中“短”tRF Gly-GCC亞型的濃度。(C)“長(zhǎng)”與“短”tRF Gly-GCC亞型的比例。(D)每微升cDNA中miR100-5p的濃度。“C”:對(duì)照組(不注射藥品的男性);“PWID”:阿片藥物注射組。P值通過單尾曼-惠特尼U檢驗(yàn)計(jì)算。對(duì)照組:n=10,PWID組:n=13。
研究發(fā)現(xiàn),對(duì)照組中超過90%的reads到較短的Gly-GCC tRF,而在PWID中只有45%的讀數(shù)。相比之下,對(duì)照組中只有4.1%的reads到更長(zhǎng)的tRF,而PWID為45.6%。PWID的長(zhǎng)/短tRF比顯著高于對(duì)照組。同時(shí)發(fā)現(xiàn)精液來源的外泌體中小核仁RNA(snoRNA)表達(dá)差異。盡管無法確立PWID的發(fā)現(xiàn)與阿片類藥物使用之間的直接聯(lián)系,但研究表明阿片類藥物注射和/或相關(guān)多藥使用習(xí)慣和生活方式改變可能會(huì)影響表觀遺傳。這為阿片類藥物使用的可遺傳影響提供了證據(jù),并為進(jìn)一步研究其跨代健康影響的機(jī)制奠定了基礎(chǔ)。
數(shù)字PCR技術(shù)在研究PWID中差異表達(dá)的tRFs方面發(fā)揮了重要作用。由于精液中含有復(fù)雜的細(xì)胞混合物,意味著其中含有抑制劑,對(duì)于PCR的擴(kuò)增有很大影響。但數(shù)字PCR有抗抑制劑干擾的特點(diǎn),所以對(duì)于這類復(fù)雜樣本的檢測(cè)更為適用。文章中數(shù)字PCR和測(cè)序各自發(fā)揮了作用:測(cè)序用于發(fā)現(xiàn)長(zhǎng)tRF和短tRF,而數(shù)字PCR則準(zhǔn)確檢測(cè)了tRF片段的表達(dá)差異,進(jìn)而驗(yàn)證了測(cè)序的結(jié)果。這一發(fā)現(xiàn)表明,數(shù)字PCR在研究tRFs和其他非編碼RNA片段方面具有顯著的優(yōu)勢(shì)。數(shù)字PCR不僅可以在tRFs和其他類似的研究中提供更為精確的結(jié)果,還可以在諸如癌癥、遺傳學(xué)和傳染病等領(lǐng)域發(fā)揮關(guān)鍵作用。
naica®六通道數(shù)字PCR系統(tǒng)
法國(guó)Stilla Technologies公司naica®六通道數(shù)字PCR系統(tǒng),源于Crystal微滴芯片式數(shù)字PCR技術(shù),自動(dòng)化微滴生成和擴(kuò)增,每個(gè)樣本孔可實(shí)現(xiàn)6熒光通道的檢測(cè),智能化識(shí)別微滴并進(jìn)行質(zhì)控,3小時(shí)內(nèi)即可獲得至少6個(gè)靶標(biāo)基因的juedui拷貝數(shù)濃度。
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