1.一般情況下水產養殖中是用來檢查水體中浮游動物和浮游植物的，還有在水產動物病害時用來查看寄生蟲和細菌，可以更好的幫助自己處理好情況。
2.看看水質有沒有微生物過多，或者是細菌超標，寄生蟲等。
3.若是養殖過程中出現水質突然變清、藻類聚減等現象，極可能的情況是水體中的氨氮、亞硝酸鹽等有害物質短時間內曝增，藻類失去了凈化作用。
水中常見的微生物有細菌、真菌、噬菌體、病毒、原生動物、藻類等。
①細菌：是生物的主要類群之一，屬于細菌域。也是所有生物中數量多的一類。細菌的形狀相當多樣，主要有球狀、桿狀，以及螺旋狀。
②真菌：是一種真核生物。常見的真菌是各類蕈類，另外真菌也包括霉菌和酵母。
③噬菌體：是侵襲細菌的病毒，也是賦予宿主菌生物學性狀的遺傳物質。噬菌體必須在活菌內寄生，有嚴格的宿主特異性，其取決于噬菌體吸附器官和受體菌表面受體的分子結構和互補性。噬菌體是病毒中為普遍和分布廣的群體。
目前對于水產養殖戶來說，視頻顯微鏡已經是他們的一份子了。顯微鏡用途廣泛，在水產養殖中是經常要使用到顯微鏡。
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