多功能顯微成像系統由顯微鏡攝像頭+圖像分析軟件組合而成的系統，一般被稱為顯微影像軟件、顯微鏡照相系統、顯微攝像系統等，是光學顯微鏡技術、光電轉換技術的計算機圖像處理技術結合在一起而開發研制成功的一項高科技產品，可以對微觀領域的研究和探索從傳統的觀察研究、定性分析和粗略測量跨越到定量分析、準確的科技新境界。
多功能顯微成像系統主要由哪些影響因素呢？
1、使用顯微鏡時，被檢物體做的是否標準很重要。如：切片厚度是否太厚，蓋玻片是否符合國標等。
2、顯微鏡物鏡按檔次可分為約6-8個檔，常用的為平場消色差物鏡；如鏡頭檔次太低，則成像質量會下降。因此，建議選擇平場以上檔次物鏡。
3、聚光鏡孔徑光欄，盡量和物鏡的數值孔徑相符，才能得到圖像分辨率。
4、調焦系統作為機械部分的重要部件，調焦精度也非常重要。對于生物學初學者或剛接觸顯微鏡的操作者，熟練的使用調焦系統，能快速找到圖像并聚焦，提高工作效率。
5、載物臺在觀察切片時，常做X，Y的移動。如雙層的機械移動平臺，精度和穩定性較好，能在觀察顯微圖像時提供好的成像質量。
6、非球面集光鏡能提供均勻的照明光線，所觀察到的顯微圖像。
7、視場光欄應根據觀察不同的被檢物體和物鏡倍率開啟到合適的位置，如開得過大或過小顯微圖像的視場亮度會受到影響。
8、照明系統如采用溫度低，色溫較高的照明裝置，觀察到的是分辨率和銳利度高的顯微圖像。
9、采用照明系統，能調節光學的中心像，采用此系統，為鏡檢和數碼顯微成像系統，提供顯微照片。
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